מיקומה של לוד בדרך המקשרת בין נמל יפו ובין ירושלים, גרם למלחמות תכופות בין הצלבנים לבין המוסלמים , שנלחמו על השליטה בעיר ובאזורה. הצלבנים הגיעו ללוד ב- 3 ביוני, שנת 1099, ומצואה ריקה מתושבים. העיר שימשה לכובשים החדשים כתחנה חשובה בטרם ייצאו לכבוש את רמלה, בירת פלסטין, מאחר שגם תושבי רמלה עזבוה מפחד הצלבנים, הצליחו הללו כבר בתחילת מסע הצלב הראשון ליצור פרוזדור צר מיפו לירושלים. מנקודה אחיזה זאת התפשטו לכל עבר, והרחיבו את שליטתם במרוצת השנים. כאשר הגיעו הצלבנים לעיר, מצאו בה את כנסיית סט.ג'ורג' הרוסה ואת מנזרה שרוף. הכובשים הנוצרים אימצו לעצמם את סמלו של הגיבור הורג הדרקון, והפכוהו לפטרונם. בלוד, מקום הולדתו של הקדוש המעונה, האביר רב הגבורה, ייסדו הכובשים את הבישופות הלאטינית הראשונה בארץ ישראל ובנו קתדרלה לכבודו של הקדוש הנערץ ביותר על ידיהם, וקראוה על שמו.
מקום קבורתו של סנט ג'ורג' הפך למוקד לצליינים רבים מתקופה זאת ואילך. הצליינים, שבאו מיפו בדרכם לירושלים והצליינים שבאו בכיוון הפוך, פנו בד"כ אל הכנסיה, שבה מונח הקדוש, ואילו העיר עניינה אותם פחות. בתקופה זאת סט. ג'ורג' ולוד חד הם, עד כדי כך שהנוסע היהודי בנימין מטודילה שביקר בלוד במאה ה- 12, קורא לה שן ג'ורג'. בספרו "מסעות בנימין", מטודילה מספר שמצא בה משפחה יהודית אחת בלבד. עד כדי כך התדלדל הישוב היהודי בעיר. (מתוך: וקרט, אורה, 1977, לוד - גיאוגראפיה היסטורית, הוצאת גומא ועיריית לוד - צ'ריקובר).

הכנסיה על שם גיאוגריוס הקדוש נבנתה במתכונת של כנסיית מבצר, אשר שמרה על הצליינים מיפו לירושלים. מאחר שהכנסייה שימשה כמבצר ולא רק כמקום תפילה, היתה בנויה בכבדות רבה. מתוך תיאורי נוסעים, אפשר להבין, כי הבאזליקה היתה ענקית בעלת שלושה חלקים. על תיפקודה של הכנסייה כמבצר אפשר ללמוד מן העובדה שהנוצרים שמצאו בה מחסה ב- 25 בנובמבר שנת 1177, כאשר ניסו גדודיו של צלאח א-דין להקיפה ולכבוש את לוד. הדבר לא עלה בידי התוקפים והצלבנים גברו עליהם. יום זה שבו הנחילו הצלבנים מפלה לאויביהם, נקרא "יום רמלה", ויוחס לזכותו של הקדוש סט. ג'ורג'. בתום הקרב נחתם הסכם שביתת נשק בין כוחותיו של צלאח א-דין לבין הכוחות הצלבניים. אולם שביתת הנשק לא ארכה זמן רב, ועם כיבושה של ירושלים ע"י המוסלמים הגיע גם תורה של לוד. ב- 24 בספטמבר 1191, פקד צלאח א-דין להרוס את הכנסייה. ע"פ החוקרים נהרסה הכנסייה בגלל הפחד מריצ'ארד לב הארי, שהיה אז בדרכו לארץ ישראל. על פי הסכם שלום, שנחתם בין שני השליטים הללו מאוחר יותר, חולקה העיר לשניים בהתאם להרכב הדתי של האוכלוסייה. אגדה עממית שבה החזיקו הצליינים, קשרה את שמו של ריצארד לב הארי בבנייתה של כנסיה חדשה במקום זאת שנהרסה ע"י צלאח א-דין, אך למסורת זאת אין אחיזה במציאות. (מתוך: וקרט, אורה, 1977, לוד - גיאוגראפיה היסטורית, הוצאת גומא ועיריית לוד - צ'ריקובר).
אחיזתם של הצלבנים בלוד נמשכה עד לכיבושה בידי הממלוכים. בשנת 1260 הביסו הממלוכים את הצלבנים, ותוך כירסום שיטתי דחקו את הצלבנים לטריטוריה קטנה יותר.