בספר יהושע ובספר שופטים, המתארים את כיבוש ארץ ישראל ואת התנחלות השבטים, אין שמה של לוד נזכר כלל. ברשימת מלכי הארץ, אשר נכנעו לפני יהושע (פרק י"ב) מופיע שמן של הערים אפק וגזר, הנזכרות בכיבושיו של תחותמס השלישי , אך שמה של לוד לא נמצא.
בתנ"ך מוזכרת העיר בספר דברי הימים א', פרק ח', פסוק י"ב. שם נאמר "...ושמר הוא בנה את אונו ואת לוד ובנותיה". לפי מסורת התנאים, הייתה לוד עיר מוקפת חומה מימי יהושע בן נון, אבל חרבה בימי פילגש בגבעה. תקופה זו ידועה כתקופה של ירידה מוסרית גדולה בעם. לפי המסופר בספר שופטים (פרק י"ט), התארח איש לוי עם פילגשו בבית אביה בבית לחם. אנשי העיר התעללו בפילגשו כל הלילה עד שמתה. הלוי ניתח את גופת פילגשו ושלח להראות לכל שבטי ישראל את הנבלה אשר נעשתה. מעשה זה הביא למלחמה בין השבטים לבין שבט בנימין. מתוך: וקרט, אורה, 1977, לוד - גיאוגראפיה היסטורית, הוצאת גומא ועיריית לוד - צ'ריקובר.
לדעתו של הארכיאולוג בנימין מזר חרבה לוד הכנענית עוד קודם, ונשארה בחורבנה תקופה ארוכה לאחר הכיבוש, עד שנבנתה בידי משפחת בני בנימין שנדדו מערבה מנחלתם, ונאחזו באיזור לוד.
העיר לוד נבנתה שוב ע"י המלך אסא. כשחזרו הגולים מבבל בשיבת ציון (בשנת 539 לפנה"ס), התיישבו שבי ציון, בני לוד, שוב בעירם, אותה נטשו בצאתם לגלות אחרי חורבן בית ראשון (בשנת 586 לפנה"ס) "בני לד חדיד ואונו שבע מאות עשרים וחמישה" (עזרא פרק ב' פסוג לג').
בתקופה הפרסית לוד היתה בתחום פחוות השומרון וכך היה גם אחרי שאלכסנדר מוקדון כבש את א"י בשנת 333 לפנה"ס. הוא עבר ככל הנראה דרך לוד, דרך בית חורון בעלותו במסעו לירושלים ומשם לפרס והודו. ). מתוך: זוהר ברעם, מאמעוס ועד לוד שפלה מלוד ועד הים עמק.